オリジナルSFアニメ『ストラトス・フォー』の続編。前作で見事に下地島基地を救った美風たちは、千鶴とアネットの推薦を受けコメットブラスターの昇進試験に向かう。そして、空や翼、岩崎らも異動で下地島基地から離れていった。こうして、人がいなくなった下地島に、新たなコメットブラスター候補として青木霧子、立花美麗、二宮磨奈の３人が配属になる。試験に失敗した美風たちは飛行教官見習いとして、コメットブラスター候補に教える日々がスタート。再び下地島が活気付いていく。